庭審中，被告市綜合行政執法局辯稱，被告具有在市城市規劃區內行使城鄉規劃管理方面法律、法規、規章規定的行政處罰權。原告未經市規劃行政主管部門批準、未取得建設工程規劃許可證及其他建設許可文件，于2003年期間，擅自在將原有房屋拆除后翻擴建，合計建筑面積289.77㎡。該建筑物屬于違法建設。被告按照行政處罰法規定的程序，依法對原告作出了限期拆除決定，限期原告在2020年8月31日18時前自行拆除上述違法建筑物。

原告訴訟理由主要是原告房屋兩證齊全。但原告提供的房屋所有權證所載的房屋系建筑面積分別為45㎡的房屋，與涉案建筑面積289.77㎡的違法建筑物之間沒有關聯性，不能據此確認涉案建筑的合法性，故其訴訟理由無事實根據和法律依據，不能成立。

綜上所述，被告作出的限期拆除決定書，認定事實清楚，適用法律正確，且程序合法，請求依法駁回原告的訴訟請求。

針對市綜合行政執法局的辯稱，京云拆遷律師指出：

首先，雖然庭審中原告確認未辦理涉案房屋的相關手續，但其對涉案房屋的建設主體、土地來源進行了闡述，且涉案房屋已納入征收范圍，被征收姓名為錢先生之父。故被告僅以戶籍調查及當地干部指認即確認涉案房屋主體為錢先生，并在以錢先生名義相關職能部門未查詢到不動產權和規劃許可手續的情況下，即認定為違法建筑物，證據不足。

另外，行政行為應當具有正當性，行政主體作出行政行為須出于正當動機，符合正當目的。涉案房屋已建設十多年，相關職能部門多年來均未執法，直至案涉房屋已被納入征收搬遷范圍，由市房屋征收領導小組交辦，經商談難以達成拆遷補償方案后，被告再針對案涉房屋作出限期拆除決定書，難謂行政目的正當。且限期拆除房屋，對當事人的征收補償利益造成了較大的損害，不符合比例原則的要求。

京云拆遷律師牢牢抓住違法的關鍵問題。最后，法院經審理后，認可京云拆遷律師的意見，判決：撤銷被告市綜合行政執法局于2020年8月29日作出的限期拆除決定書。